1、对培养条件和冷冻技术要求高。

胚胎在不同发育阶段对培养液的要求是不同的，囊胚培养不仅需要特殊的培养液，更需要良好的培养环境和囊胚冷冻技术。因此，只有培养条件和冷冻技术较为成熟的生殖中心才能开展囊胚培养。

2、有些胚胎无法形成囊胚，甚至包括一些优胚。

由于体外培养体系都是模拟人体的输卵管和子宫环境及液体成分，加上人员操作及其他外部干扰，始终无法完全达到体内条件，导致一部分可能在体内能够继续发育的胚胎在体外培养时无法形成囊胚，甚至包括一些优质胚胎。如果贸然将全部胚胎进行囊胚培养，可能面临无胚胎移植的窘境。因此，在保证有移植或冷冻胚胎的基础上再行囊胚培养，不失为一种对患者更有利的治疗策略。

3、体外培养时间更长，各种应激和风险也随之增加。

4、胎儿性别比失衡。

自然妊娠的胎儿出生性别比男孩：女孩约为103~107:100，D3胚胎移植的性别比男孩：女孩约为107:100，二者差异不显著。但有研究报道，囊胚移植的胎儿出生性别比男孩：女孩约为112:100，显著高于自然妊娠。因此，囊胚移植有可能造成男女出生性别比失衡。

5、增加同卵双生的风险。

尽管囊胚培养移植后可以明显降低多胎率，但单卵双胎的发生率却较卵裂期胚胎略为增高。

现在实验室的养囊环境都是模拟人体子宫环境进行养囊。